I. Mechanizmy tworzenia biofilmu przez gronkowce koagulazoujemne (CNS) w zależności od warunków środowiskowych i charakteru działających na nie czynników

• Określenie przynależności gatunkowej badanych szczepów gronkowców
• Ocena polimorfizmu wyizolowanych szczepów technikami ITS-PCR i PFGE.
• Analiza fenotypową i genotypową zdolności wytwarzania biofilmu in vitro przez szczepy CNS w obecności subinhibicyjnych dawek antybiotyku.
• Określenie minimalnego stężenia hamującego wybranych antybiotyków b-laktamowych
  i makrolidowych dla poszczególnych szczepów CNS.
• Ocena fenotypowych i genotypowych mechanizmów oporności na antybiotyki beta-laktamowe i makrolidowe.
• Analiza wpływu różnych stężeń antybiotyków b-laktamowych i makrolidowych na proces tworzenia biofilmu w zależności od czasu ekspozycji.

 II. Potencjał degradacyjny i bioremediacyjny bakterii w stosunku do wybranych związków organicznych charakteryzujących się szerokim spektrum negatywnego oddziaływania na środowisko i człowieka

• Identyfikacja szczepów bakterii zdolnych do degradacji antybiotyków, NLPZ i hormonów
  przy wykorzystaniu metod biochemicznych i genetycznych
  i ocena ich potencjału degradacyjnego
• Badanie mechanizmów rozkładu antybiotyków, antybiotyków, NLPZ i hormonów mikroorganizmy.
• Badania nad wykorzystanie mikroorganizmów w procesach bioremediacji gleb skażonych wybranymi antybiotykami, NLPZ i hormonami.
• Badanie oporności na antybiotyki u bakterii izolowanych ze skażonych gleb.
• Ocena aktywności mikrobiologicznej gleb skażonych antybiotykami, NLPZ i hormonami.
• Ocena zmian w bioróżnorodności i strukturze zespołów bakterii w glebach skażonych antybiotykami, NLPZ i hormonami przy wykorzystaniu technik hodowlanych oraz markerów biochemicznych (FAME, PLFA) i molekularnych (DNA). 

 III. Wirusowe i osobnicze czynniki modyfikujące patogenezę zakażeń

• Charakterystyka zróżnicowania genetycznego HIV-1 i określanie częstości występowania poszczególnych podtypów wirusa krążących w Polsce południowej.
• Monitorowanie rozwoju epidemii i szerzenia się HIV-1 w Polsce południowej na podstawie analizy filogenetycznej sekwencji genów wirusowych.
• Charakterystyka zróżnicowania genetycznego SARS-CoV-2 i określanie częstości występowania poszczególnych podtypów wirusa krążących w Polsce.
• Monitorowanie rozwoju epidemii i szerzenia się SARS-CoV-2 w Polsce na podstawie analizy filogenetycznej sekwencji genów wirusowych.
• Ocena typu i częstości występowania mutacji związanych z opornością HIV-1 na leki przeciwretrowirusowe.
• Charakterystyka populacji osób seropozytywnych pod względem polimorfizmów alleli wpływających na tempo progresji zakażenia i efektywność stosowanych strategii terapeutycznych w zakażeniach wirusowych.