I. Mechanizmy tworzenia biofilmu przez gronkowce koagulazoujemne (CNS) w zależności od warunków środowiskowych i charakteru działających na nie czynników
- Określenie przynależności gatunkowej badanych szczepów gronkowców
- Ocena polimorfizmu wyizolowanych szczepów technikami ITS-PCR i PFGE.
- Analiza fenotypową i genotypową zdolności wytwarzania biofilmu in vitro przez szczepy CNS w obecności subinhibicyjnych dawek antybiotyku.
- Określenie minimalnego stężenia hamującego wybranych antybiotyków b-laktamowych
i makrolidowych dla poszczególnych szczepów CNS. - Ocena fenotypowych i genotypowych mechanizmów oporności na antybiotyki beta-laktamowe i makrolidowe.
- Analiza wpływu różnych stężeń antybiotyków b-laktamowych i makrolidowych na proces tworzenia biofilmu w zależności od czasu ekspozycji.
II. Potencjał degradacyjny i bioremediacyjny bakterii w stosunku do wybranych związków organicznych charakteryzujących się szerokim spektrum negatywnego oddziaływania na środowisko i człowieka
- Identyfikacja szczepów bakterii zdolnych do degradacji antybiotyków, NLPZ i hormonów
przy wykorzystaniu metod biochemicznych i genetycznych
i ocena ich potencjału degradacyjnego - Badanie mechanizmów rozkładu antybiotyków, antybiotyków, NLPZ i hormonów mikroorganizmy.
- Badania nad wykorzystanie mikroorganizmów w procesach bioremediacji gleb skażonych wybranymi antybiotykami, NLPZ i hormonami.
- Badanie oporności na antybiotyki u bakterii izolowanych ze skażonych gleb.
- Ocena aktywności mikrobiologicznej gleb skażonych antybiotykami, NLPZ i hormonami.
- Ocena zmian w bioróżnorodności i strukturze zespołów bakterii w glebach skażonych antybiotykami, NLPZ i hormonami przy wykorzystaniu technik hodowlanych oraz markerów biochemicznych (FAME, PLFA) i molekularnych (DNA).
III. Wirusowe i osobnicze czynniki modyfikujące patogenezę zakażeń
- Charakterystyka zróżnicowania genetycznego HIV-1 i określanie częstości występowania poszczególnych podtypów wirusa krążących w Polsce południowej.
- Monitorowanie rozwoju epidemii i szerzenia się HIV-1 w Polsce południowej na podstawie analizy filogenetycznej sekwencji genów wirusowych.
- Charakterystyka zróżnicowania genetycznego SARS-CoV-2 i określanie częstości występowania poszczególnych podtypów wirusa krążących w Polsce.
- Monitorowanie rozwoju epidemii i szerzenia się SARS-CoV-2 w Polsce na podstawie analizy filogenetycznej sekwencji genów wirusowych.
- Ocena typu i częstości występowania mutacji związanych z opornością HIV-1 na leki przeciwretrowirusowe.
- Charakterystyka populacji osób seropozytywnych pod względem polimorfizmów alleli wpływających na tempo progresji zakażenia i efektywność stosowanych strategii terapeutycznych w zakażeniach wirusowych.